2018年04月16日

TimeLapse撮影。

TimeLapseとは、簡単に言うと超早送り再生になるよう撮影する方法です。少しばかり前に良い状態のシロキツネノサカズキモドキを採集したので、ちょっとやってみました。撮影時間は10日間で、毎朝毎晩、基質が乾燥しないように水くれを行いました。そのためか基質の枯れ枝が微妙に動いています。



昨年の夏にはタマゴタケでやろうとしたのですが、やはり菌根菌は難しいです。失敗の連続でした。枯れ枝を基質とする腐生菌であれば成功率は高いと思われます。
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2018年03月16日

PCRの仕組みをおさらい

以下の動画は以前に掲載したものですが再度。PCRがどのように行われているのかを簡単に示したものです。



1)まず、DNAの2本鎖がほどけて2つの1本鎖になります。
2)1本鎖のしかるべき箇所にプライマーがくっつきます。プライマーにはフォワード用、リバース用のものが必要です。
3)1本鎖と相補になる塩基がプライマーを起点に合成されていきます。

上記の3つで1サイクルです。動画では3サイクル目から2つのプライマーに挟まれた領域が登場しその後倍々で増えていく様子がわかります。これを40サイクル繰り返せば2の40乗ですから、その数は1兆を超える数字となります。

さて、「フォワードのプライマーのみを使えば、フォワードの配列が増えるのではないか?」なんて思ったりもするわけですが、それは原理的にありえない、となります。次の動画で示しました。



見ての通り、40サイクル繰り返しても1本鎖が40本できるだけです。これではどうにもなりません。
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2018年02月12日

複数領域を用いた解析はやったことがないのですが

知人が採集した珍しいキヒダタケがありまして、ITSの配列を取得したというのでちょっと調べてみました。GenBankからデータを集めて配列のアライメントをしてみると、巨大なギャップがまあ、たくさんあるわあるわって感じでとてもまともなデータセットになりそうにありませんでした。

ITSでいらぬ苦労をするよりもtef-1αなどでやったほうがはるかに楽なのではないかと思い、そうするとまず先行研究に使われたtef-1αの配列に当たってみることになります。

キヒダタケに関する比較的新しい論文が見つかりました。Zeng et al. 2013 です。系統樹をみると、ほうなるほどと思えるような内容です。系統樹のキャプションには「複数領域(ITS, LSU, tef-1α)のデータセットによる解析」と書かれています。すべてのOTUにtef-1αのデータが含まれているのだろうと思い、「解析に使用したサンプル一覧」を見ると、中国産標本は3つの領域が全て揃っていましたが、日本や北米産標本のデータはtef-1αが欠落しているものが散見されました。はて、これでいいのだろうか?と思ってしまうわけなのです。素人考えでいけば、複数領域のOTU、単一領域のOTUが混在していれば、まともな解析結果にならないような気がするのですが。ひょっとしたら私が知らない方法があるのかもしれません。


Zeng NK, Tang LP, Li YC, Tolgor B, Zhu XT, Zhao Q, Yang ZL (2013) The genus Phylloporus (Boletaceae, Boletales) from China: morphological and multilocus DNA sequence analyses. Fungal Diversity 58: 73.
doi:10.1007/s13225-012-0184-7
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