複数領域を用いた解析はやったことがないのですが

知人が採集した珍しいキヒダタケがありまして、ITSの配列を取得したというのでちょっと調べてみました。GenBankからデータを集めて配列のアライメントをしてみると、巨大なギャップがまあ、たくさんあるわあるわって感じでとてもまともなデータセットになりそうにありませんでした。

ITSでいらぬ苦労をするよりもtef-1αなどでやったほうがはるかに楽なのではないかと思い、そうするとまず先行研究に使われたtef-1αの配列に当たってみることになります。

キヒダタケに関する比較的新しい論文が見つかりました。Zeng et al. 2013 です。系統樹をみると、ほうなるほどと思えるような内容です。系統樹のキャプションには「複数領域（ITS, LSU, tef-1α）のデータセットによる解析」と書かれています。すべてのOTUにtef-1αのデータが含まれているのだろうと思い、「解析に使用したサンプル一覧」を見ると、中国産標本は3つの領域が全て揃っていましたが、日本や北米産標本のデータはtef-1αが欠落しているものが散見されました。はて、これでいいのだろうか？と思ってしまうわけなのです。素人考えでいけば、複数領域のOTU、単一領域のOTUが混在していれば、まともな解析結果にならないような気がするのですが。ひょっとしたら私が知らない方法があるのかもしれません。


Zeng NK, Tang LP, Li YC, Tolgor B, Zhu XT, Zhao Q, Yang ZL (2013) The genus Phylloporus (Boletaceae, Boletales) from China: morphological and multilocus DNA sequence analyses. Fungal Diversity 58: 73.
doi:10.1007/s13225-012-0184-7