http://gyuken.sblo.jp/ これまでの「覚え書き」をこのブログに移行しました。 ja http://gyuken.sblo.jp/article/184687093.html 図鑑.jpとは電子書籍化された国内の図鑑を閲覧できるサービスです。以下引用です。引用ここから---------------------------「日本の生き物を調べる・わかる 図鑑.jp」は、電子書籍化した図鑑類が読み放題になる会員制サービスです。各出版社が発行している日本を代表する専門図鑑を中心に、すでに絶版となった図鑑や公共機関などが発行した一般には入手が困難な図鑑も提供します。複数の図鑑を横断検索できるだけでなく、ユーザが投稿写真を加えることで図鑑が補完され、図鑑とユ.. 日記 gyuken 2018-10-15T20:50:27+09:00 以下引用です。

引用ここから---------------------------
「日本の生き物を調べる・わかる 図鑑.jp」は、電子書籍化した図鑑類が読み放題になる会員制サービスです。各出版社が発行している日本を代表する専門図鑑を中心に、すでに絶版となった図鑑や公共機関などが発行した一般には入手が困難な図鑑も提供します。
複数の図鑑を横断検索できるだけでなく、ユーザが投稿写真を加えることで図鑑が補完され、図鑑とユーザ投稿を合わせて「究極の図鑑」を目指すサービスです。
引用ここまで---------------------------

図鑑.jpの中には各分野の識者によるコラムのページがあり、菌類では中島淳志氏によるきのこ分類の最新情報の記事があったりします。で、本日、各分類群の各論をとりあげたコラムが新たに追加されました。執筆は私です。2013年に記載したホテイイロガワリ、ニオイバライロイグチ、モウセンアシベニイグチについて解説しました。

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きのこ分類最前線
【新種の発見と記載】長野県で発見した3種のイグチ　～ホテイイロガワリ、ニオイバライロイグチ、モウセンアシベニイグチ
https://i-zukan.jp/columns/152
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興味のある方はぜひ会員登録をして「図鑑.jp」を有効活用してみてはいかがでしょうか。

]]> http://gyuken.sblo.jp/article/184067222.html 日本産で既知のイグチ類はおよそ160種が報告されていますが、中には新種記載されて以降ほとんど見つかっていない希少なものがいくつかあります。アカネアミアシイグチ Boletus kermesinus Har. Takah., Taneyama and Koyama は、過去において富士山で行われた菌学会観察会で「Boletus frostii」と同定されて以来「幻のイグチ」とされていたことがあります。最近は熱心なきのこ愛好家が頻繁にアカネアミアシイグチを発見しSNSに投稿する例.. 日記 gyuken 2018-08-01T08:18:03+09:00
以下に挙げるのは私にとって「幻のイグチ」であるものです。

ヌメリイロガワリ Boletus viscidipellis Har. Takah., Degawa & Taneyama
私自身は新種記載時に乾燥標本を検討したのみで生の実物を見たことがありません。昨年、菌類懇話会入生田例会で、おそらくそうであろう標本を採集しましたが、まだ詳細の検討をしていません。

オクヤマニガイグチ　Tylopilus rigens Hongo
京都、福井産標本に基づいて記載された種ですが、東日本で見かけるよく似た種は、オクヤマニガイグチではないと疑っています。私自身、過去に何回か西日本の観察会に参加しましたが、オクヤマニガイグチが採集された記憶がないです。確実な標本を見たことがないので「幻のイグチ」なのです。画像検索などすると沢山の画像がヒットしますが、確実に同定されたものは皆無でしょう。

ヨゴレキアミアシイグチ Boletus sinapicolor var. japonicus Hongo
子実体の外見は、いわゆる「キアシヤマドリタケ（池田仮称）」に酷似しており、キアシヤマドリタケをヨゴレキアミアシイグチと誤同定した例を見たことがあります。ヨゴレキアミアシイグチとキアシヤマドリタケで決定的に異なっているのは次の2点です。
1）幼時孔口が菌糸で塞がれるstuffed poreであるか。
　　　ヨゴレキアミアシイグチはstuffed poreでない。
　　　キアシヤマドリタケはstuffed poreである。
2）かさ表皮を構成する菌糸の形質。
　　　ヨゴレキアミアシイグチは類球形細胞が連なるmoniliform。
　　　キアシヤマドリタケは毛状被trichoderm
やはり確実な標本を見たことも聞いたこともないので「幻のイグチ」です。
ちなみにマレーシア産Boletus sinapicolor Corner は、2011年にPulveroboletus sinapicolor (Corner) E. Horakとされましたが、ヨゴレキアミアシイグチも同様にPulveroboletusとされることになるでしょう。

アカアミアシイグチ Boletus pseudoluridus Hongo
滋賀県標本に基づいて記載された種です。ホテイイロガワリ Boletus ventricosus Taneyama and Har. Takah.によく似ていますが、柄の表面、柄シスチジアの形質が異なっています。SNSで大阪産のホテイイロガワリによく似た写真を見かけますが、ひょっとするとそれがアカアミアシイグチである可能性があります。
]]> http://gyuken.sblo.jp/article/183288107.html 先週末は菌類懇話会の総会で東京大学奈良一秀先生の講演がありました。菌根を調べて系統地理や集団遺伝などを研究されているということで大変興味深いお話がありました。イグチのような菌根生のきのこを調べていると「共生している樹木はどれなのか」が常に気になるところで、個人的な経験則から判断すると、「宿主となる樹種が異なっていれば別のTaxonであろう」とすることが多いのではないでしょうか。ところが実はそうとは限らないことを示すお話がありました。菌根生のきのこは実は「何でも屋さん」で、宿主.. 日記 gyuken 2018-05-22T08:35:03+09:00
イグチのような菌根生のきのこを調べていると「共生している樹木はどれなのか」が常に気になるところで、個人的な経験則から判断すると、「宿主となる樹種が異なっていれば別のTaxonであろう」とすることが多いのではないでしょうか。ところが実はそうとは限らないことを示すお話がありました。

菌根生のきのこは実は「何でも屋さん」で、宿主特異性はあまりないとのことでした。以前、タマゴタケの菌根合成を行ったE先生から聞いた話では、実験の際用いる宿主植物はアカマツなのだそうです。タマゴタケとアカマツは全然縁が無いというイメージをもっていましたが、実際に接種試験を行うとタマゴタケはアカマツに菌根を作るということでした。

「何でも屋さん」である菌根生のきのこは、その発生環境において自身に合った共生相手を選んで菌根を作るのだそうです。例えば、発生環境が低地であればそこで優占しているシイやカシなどと、標高が上がればモミ属などの針葉樹と共生するということです。

この話をきいて一つ確実な具体例が思い当たりました。オオウラベニイロガワリです。これまでの調査ではオオウラベニイロガワリには、シイ、カシ樹下で見つかるものとウラジロモミ、ドイツトウヒ、アカマツ樹下で見つかるものがあり、2系統のTaxonが存在していると考えていました。

ところが両者の形態を比較してみると明瞭に区別できる点が全くありませんでした。ここでいう形態とは、顕微鏡的な数値を統計的に処理したデータのことです。さらに、塩基配列を取得し系統解析を行ったところ、両者は単一のクレードを形成しました。形態と分子、あらゆる情報をもって比較した結果、両者で異なっているのは共生相手の樹種のみという結論となったのです。

「宿主植物が異なるから別のTaxonである」と安易に考えない方がよいのだということですね。



ウラジロモミ樹下に発生したオオウラベニイロガワリ、標高1500m


低地の常緑広葉樹に発生したオオウラベニイロガワリ, 標高21m ]]> http://gyuken.sblo.jp/article/182994272.html TimeLapseとは、簡単に言うと超早送り再生になるよう撮影する方法です。少しばかり前に良い状態のシロキツネノサカズキモドキを採集したので、ちょっとやってみました。撮影時間は10日間で、毎朝毎晩、基質が乾燥しないように水くれを行いました。そのためか基質の枯れ枝が微妙に動いています。昨年の夏にはタマゴタケでやろうとしたのですが、やはり菌根菌は難しいです。失敗の連続でした。枯れ枝を基質とする腐生菌であれば成功率は高いと思われます。 日記 gyuken 2018-04-16T17:17:15+09:00


昨年の夏にはタマゴタケでやろうとしたのですが、やはり菌根菌は難しいです。失敗の連続でした。枯れ枝を基質とする腐生菌であれば成功率は高いと思われます。 ]]> http://gyuken.sblo.jp/article/182710476.html 以下の動画は以前に掲載したものですが再度。PCRがどのように行われているのかを簡単に示したものです。1）まず、DNAの2本鎖がほどけて2つの1本鎖になります。2）1本鎖のしかるべき箇所にプライマーがくっつきます。プライマーにはフォワード用、リバース用のものが必要です。3）1本鎖と相補になる塩基がプライマーを起点に合成されていきます。上記の3つで1サイクルです。動画では3サイクル目から2つのプライマーに挟まれた領域が登場しその後倍々で増えていく様子がわかります。これを40サイク.. 日記 gyuken 2018-03-16T21:02:58+09:00


1）まず、DNAの2本鎖がほどけて2つの1本鎖になります。
2）1本鎖のしかるべき箇所にプライマーがくっつきます。プライマーにはフォワード用、リバース用のものが必要です。
3）1本鎖と相補になる塩基がプライマーを起点に合成されていきます。

上記の3つで1サイクルです。動画では3サイクル目から2つのプライマーに挟まれた領域が登場しその後倍々で増えていく様子がわかります。これを40サイクル繰り返せば2の40乗ですから、その数は1兆を超える数字となります。

さて、「フォワードのプライマーのみを使えば、フォワードの配列が増えるのではないか？」なんて思ったりもするわけですが、それは原理的にありえない、となります。次の動画で示しました。



見ての通り、40サイクル繰り返しても1本鎖が40本できるだけです。これではどうにもなりません。 ]]> http://gyuken.sblo.jp/article/182400030.html 知人が採集した珍しいキヒダタケがありまして、ITSの配列を取得したというのでちょっと調べてみました。GenBankからデータを集めて配列のアライメントをしてみると、巨大なギャップがまあ、たくさんあるわあるわって感じでとてもまともなデータセットになりそうにありませんでした。ITSでいらぬ苦労をするよりもtef-1αなどでやったほうがはるかに楽なのではないかと思い、そうするとまず先行研究に使われたtef-1αの配列に当たってみることになります。キヒダタケに関する比較的新しい論文が.. 日記 gyuken 2018-02-12T22:41:15+09:00
ITSでいらぬ苦労をするよりもtef-1αなどでやったほうがはるかに楽なのではないかと思い、そうするとまず先行研究に使われたtef-1αの配列に当たってみることになります。

キヒダタケに関する比較的新しい論文が見つかりました。Zeng et al. 2013 です。系統樹をみると、ほうなるほどと思えるような内容です。系統樹のキャプションには「複数領域（ITS, LSU, tef-1α）のデータセットによる解析」と書かれています。すべてのOTUにtef-1αのデータが含まれているのだろうと思い、「解析に使用したサンプル一覧」を見ると、中国産標本は3つの領域が全て揃っていましたが、日本や北米産標本のデータはtef-1αが欠落しているものが散見されました。はて、これでいいのだろうか？と思ってしまうわけなのです。素人考えでいけば、複数領域のOTU、単一領域のOTUが混在していれば、まともな解析結果にならないような気がするのですが。ひょっとしたら私が知らない方法があるのかもしれません。


Zeng NK, Tang LP, Li YC, Tolgor B, Zhu XT, Zhao Q, Yang ZL (2013) The genus Phylloporus (Boletaceae, Boletales) from China: morphological and multilocus DNA sequence analyses. Fungal Diversity 58: 73.
doi:10.1007/s13225-012-0184-7 ]]> http://gyuken.sblo.jp/article/182070155.html DNAを調べることの最大の利点の一つと考えているのは、自分の標本と同種と思われる菌の分布がある程度わかるということです。どういうことなのかというと、私が「アメリカウラベニイロガワリ東日本型」としている種は西日本（山口）にも分布し、さらには南国のタイにも分布しているということがわかる、といった例があります。上：「アメリカウラベニイロガワリ東日本型」他にはこんな例があります。昨年、中国から報告された新種に Caloboletus xiangtoushanensis (Zhang .. 日記 gyuken 2018-01-07T20:42:04+09:00

上：「アメリカウラベニイロガワリ東日本型」

他にはこんな例があります。

昨年、中国から報告された新種に Caloboletus xiangtoushanensis (Zhang et al. 2017) というのがありますが、これは実は日本から報告された種と同一のものでいずれシノニム行きとなってしまうことがわかる、なんていうのがあります。「Caloboletus xiangtoushanensisは〇〇のシノニム」とするにはしかるべき報告を書かなくてはならないのですが、私にとっての優先順位からすると手をつけるとしても当分先というのが現状です。


引用文献
ZHANG M, LI TH, GELARDI M, SONG B, ZHONG XJ (2017) A new species and a new combination of Caloboletus from China. Phytotaxa 309 (2), 118-126. DOI: http://dx.doi.org/10.11646/phytotaxa.309.2.2 ]]> http://gyuken.sblo.jp/article/182038417.html 相変わらず新年とか関係なしに過ごしています。当サイトの更新が9月9日からストップしていましたが、その理由には、PCの環境更新などに伴いこれまでに使っていたサイト作成ツールが非常に具合が悪くなったことと、ある事情のためきのこ研究に費やす時間が大幅に減少したことなどが挙げられます。Blog形式にしたことにより、気軽に日々のネタをアップすることができるかもしれません。Twitterでは菌類関係のことやそれ以外のくだらないことをアップしていますが、こちらではまじめなネタをとりあげてい.. 日記 gyuken 2018-01-04T20:07:24+09:00

相変わらず新年とか関係なしに過ごしています。

当サイトの更新が9月9日からストップしていましたが、その理由には、PCの環境更新などに伴いこれまでに使っていたサイト作成ツールが非常に具合が悪くなったことと、ある事情のためきのこ研究に費やす時間が大幅に減少したことなどが挙げられます。

Blog形式にしたことにより、気軽に日々のネタをアップすることができるかもしれません。Twitterでは菌類関係のことやそれ以外のくだらないことをアップしていますが、こちらではまじめなネタをとりあげていく予定です。 ]]>